De acuerdo con el mito , Santorini fue creada a partir de una bola de tierra de la lejana Libia . La historia , la geología y la arqueología aportan datos impresionantes sobre el lugar que fue llamado la » Pompeya del Egeo » por el francés Fouqué .
Originalmente el terreno griego era mar , después de las modificaciones del planeta , grandes masas emergieron del agua creándose la Egeida hace millones de años . La Egeida era una masa única de tierra que se extendía desde el Mar Jónico hasta Asia Menor y el sur de Creta . Con el paso del tiempo porciones de agua despedazaron la Egeida . La zona que hoy en día está en el Egeo , se sumergió casi enteramente salvo las cimas que quedaron sobre el nivel del mar . En el lugar que ocupa hoy Santorini solo quedó un islote . La evolución posterior y desarrollo de la isla es resultado de la actividad de los volcanes que aparecieron en la zona hace también millones de años .
Hace aproximadamente 2 millones de años se empezaron a crear los primeros cráteres , que se unieron entre si y a su vez estos con el islote .
No existen testimonios de lo que ocurrió entre los años 1550-1500 A.C. , pero los historiadores intentaron reconstruir la sucesión de hechos . Siempre hubo en la zona movimientos , que los provocaba el volcán . Toda la isla se cubrió de una gruesa capa de piedra pómez de 30 m producto también del volcán . El material que fue expulsado del mismo debió ser enorme pues , la corteza cedió y el centro se derrumbó , creándose un gigantesco vacío en el sector central de Santorini . Ochenta y tres km2 desaparecieron en un abismo de 800 m de profundidad.
Desde 1500 A.C. a 1950 D.C el volcán de Santorini se ha activado 14 veces con erupciones de mayor o menor intensidad .